Công tác đào tạo Sau đại học của Viện được thực hiện theo quyết định số 309/TTg ngày 17 tháng 12 năm 1980 của Thủ tướng Chính phủ và quyết định số 39/QĐ-QLKH ngày 17 tháng 12 năm 1981 của Bộ Giáo dục và Đào tạo giao nhiệm vụ cho Viện đào tạo nghiên cứu sinh trong nước với các chuyên ngành đào tạo thuộc lĩnh vực khoa học địa chất gồm: Thạch học, khoáng vật học và trầm tích học (mã số: 1.06.03); Cổ sinh học và địa tầng học (mã số: 1.06.04); Địa chất học tìm kiếm và thăm dò khoáng sản kim loại và không kim loại (mã số: 1.06.12).

Theo quyết định số 3055/QĐ-BGDĐTngày 13 tháng 8 năm 2012 của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo về chuyển đổi tên chuyên ngành đào tạo trình độ thạc sỹ, tiến sỹ thì Viện Khoa học Địa chất và Khoáng sản được giao 02 chuyên nghành đào tạo trình độ tiến sỹ như sau:

1. Địa chất học; Mã số: 62 44 02 01

2. Khoáng vật học và địa hóa học; Mã số: 62 44 02 05

Với thời gian 50 năm phát triển và trưởng thành và qua 33 năm được giao nhiệm vụ đào tạo nghiên cứu sinh, Viện đã hoàn thành nhiều đề tài, đề án nghiên cứu khoa học cấp Nhà nước, cấp Bộ… với trang thiết bị, phòng thí nghiệm đảm bảo nhu cầu học tập, nghiên cứu của nghiên cứu sinh; đến nay Viện Khoa học Địa chất và Khoáng sản đã đào tạo được 48 nghiên cứu sinh bảo vệ thành công luận án Tiến sỹ địa chất và được Bộ Giáo dục và Đào tạo cấp bằng tiến sỹ; cử nhiều cán bộ viên chức ra nước ngoài học tập, làm nghiên cứu sinh và được cấp bằng tiến sỹ.

Viện đã đào tạo một đội ngũ cán bộ khoa học đồng bộ, có trình độ, năng lực đáp ứng trong các lĩnh vực của ngành, qua đó góp phần cống hiến, xây dựng cho sự nghiệp công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước; cung cấp hơn 30 nhà khoa học có trình độ chuyên môn, kinh nghiệm đến các đơn vị trong và ngoài ngành làm việc, giữ các trọng trách quan trọng trong việc quản lý, nghiên cứu khoa học và đào tạo Sau đại học.

Các cán bộ khoa học của Viện đã công bố hơn 500 bài báo trên các tập san địa chất ở trong và ngoài nước, có một số tham luận tại các Hội nghị địa chất quốc tế được đánh giá cao; đã cử hàng trăm lượt cán bộ có trình độ từ kỹ sư, thạc sỹ, tiến sỹ đi học tập, tham quan, hội nghị, hội thảo trao đổi, hợp tác khoa học về địa chất – khoáng sản, khoa học quản lý để học hỏi những đổi mới về thông tin khoa học địa chất phục vụ cho nghiên cứu khoa học.

Hiện nay, Viện có 239 cán bộ, viên chức; trong đó đội ngũ cán bộ khoa học cơ hữu là 21 người (có 01 PGS), được đào tạo trình độ tiến sỹ trong và ngoài nước các chuyên ngành về địa chất và khoáng sản; 10 cán bộ đang tham gia làm nghiên cứu sinh (4 ở Nga, Đức, Trung Quốc và 3 ở các trường đại học Mỏ – Địa chất, Đại học KHTN – Đại học QGHN), trong đó có 02 nghiên cứu sinh đang trong giai đoạn hoàn thiện hồ sơ trình bảo vệ luận án tiến sỹ cấp Viện.

Thủ trưởng cơ sở đào tạo Sau đại học Viện qua các thời kỳ:

1. PGS.TS Nguyễn Khắc Vinh (1980 – 1991)

2. GS.TS Phan Cự Tiến (1992 – 1999)

3. PGS.TS Dương Đức Kiêm (2000 – 2003)

4. PGS.TS Nguyễn Xuân Khiển (2004 – 2008)

5. TS. Nguyễn Linh Ngọc (2009 – 2010)

6. PGS.TS Trần Tân Văn (2011 – đến nay)

Thường trực Ban đào tạo Sau đại học Viện qua các thời kỳ:

1. TS. Đỗ Văn Ái (1980 – 1985)

2. KS. Phạm Kim Long (1986 – 2000)

3. TS. Đỗ Đức Thịnh (2001 – 2008)

4. ThS. Nguyễn Thị Thủy (2009 )

5. ThS. Kiều Trung Chính (2010 – đến nay).